La raza Bóxer fue reconocida oficialmente en el año 1895, pero su nacimiento se remonta a décadas anteriores. Sin embargo, los detalles exactos sobre sus predecesores son muy confusos, aunque se cree que proceden de Alemania y que se trata de uno de los muchos descendientes de los perros de los altos valles del Tíbet.
Los alemanes dividen la descendencia del esta raza en otras cuatro, dependiendo de su procedencia geográfica o de su predisposición: Bullenbeisser (cuyo significado es «mordedor de toros»), Brabanter (originario de Bélgica), Baerenbeisser («mordedor de osos») y Daziger (proveniente de Polonia). De todas ellas, se considera que el Bullenbeisser es el antecesor más aproximado a lo que conocemos hoy en día como Bóxer.
Ya durante el siglo XVIII, los carniceros y cerveceros de la época utilizaban al Bullenbeisser como defensor de sus rebaños y bienes. No obstante, con el paso del tiempo no se creyó necesario salvaguardar la raza, por lo que comenzaron a tener lugar los cruces. Éstos desembocaron en una nueva raza de menor tamaño, denominada Bierhunde o Bierboxer («perro de los cerveros»).
A finales del siglo XIX, un criador de Bulldogs llamado Friedrich Roberth se propuso recuperar el auténtico Bullenbeisser, para lo cual emparejó a un Bierboxer con varios Bulldogs ingleses. Entre los cachorros resultantes de este cruce se encuentra Flocki, más parecido al Bóxer actual, que sería el primer inscrito en el «libro de ganadería» oficial de la raza.
Aunque los clubes de Bóxer existían en Alemania desde aproximadamente 1895, el estándar oficial de la raza no fue establecido hasta 1902. La misma sufriría modificaciones durante los años posteriores, entre las que destaca la exclusión del pelaje totalmente blanco y la prohibición de amputar sus orejas desde 1988.
Por otro lado, razas como el Alano Español, el Mastín del Tíbet o el Dogo de Burdeos también son asociadas a los orígenes del Bóxer, que hoy en día continúan siendo inciertos.